Наткнулся тут (спасибо реддиту) на блог замечательного учаснега Адама Гомаа, последний пост которого вещает о том, что Джанговский ОРМ - мертвяк и припарки не помогут, потому он решил писать свой собственный декларативный слой над SQLAlchemy (потому как текущие действительно просто ужасны).
Однако ж рефакторинг query.py - уже близко и я чую, что должно всё стать заметно лучше. :) Джеймс Беннетт, имхо, ответил совершенно правильно. :)